Nació en Xàtiva en mayo de 1566. Estudió gramática, lógica y filosofía en la Universidad de València. En 1582 tomó el hábito de dominico en el convento de Llombai, desde donde mantuvo contactos epistolarios con intelectuales de la época. Fue autor de refutaciones teológicas contra Calvino cuando sólo tenía 22 años. A petición del cardenal César Baronio fue llamado por el general de los dominicos, Jerónimo Xavierre, a la Curia romana para continuar su obra de historia de la Iglesia —Annales ecclesiasticis—, trasladándose por tal motivo a Roma en 1601. Allí contrajo íntima amistad con el docto Isidoro Aliaga, años después arzobispo de València. Por encargo del papa Clemente VIII trabajó en la reforma del Misal y el Brevario, haciéndose la primera impresión de la obra en Roma en 1603. En 1605, la Sagrada Congregación del Índice le encargó, junto con los doctos cardenales Baronio y Belarmino, que corrigiera los errores de los amanuenses y de la prensa, de la Biblioteca de los Santos Padres que Margarine de la Bigne, teólogo parisino, había publicado en París en el año 1589 en nueve grandes volúmenes, encargo que cumplió con rigor y brevedad. En 1608, Isidoro Aliaga fue nombrado provincial de Aragón y nombró a Maluenda vicario provincial suyo, motivo por el cual volvió a España. Por noviembre del referido año, Aliaga fue nombrado obispo de Albarracín, y Maluenda se quedó en el convento de Predicadores de València, en el cual trabajó como historiador y profesor de Biblia. En 1610 tuvo que ir a Madrid llamado por Bernardo de Rojas —inquisidor general, cardenal y arzobispo de Toledo— para examinar y confeccionar el Índice de libros prohibidos, que se publicó en Madrid el año 1612. Trasladado Aliaga al arzobispado de València, lo nombró su consejero. En los últimos años de su vida inició una nueva versión en hebreo de la Biblia, obra que no llegó a terminar. La mayoría de sus manuscritos se conservan en la Biblioteca de la Universidad de València. A parte de las obras mencionadas debemos destacar: De Anticristo libri IX (1604), Vida de San Pedro Mártir (1613) y Comentarios a los capítulos 2 y 3 del Génesis, así como su obra manuscrita Descripción de las antigüedades de Xàtiva. Murió a los sesenta y tres años de edad en mayo de 1628.
