Vicente Ximeno afirma que nació en València, pero en Elogios del ilustrísimo y eruditísimo varón don Honorato Joan (Valencia: Jerónimo Vilagrasa, 1659), recopilación de escritos realizada por Antonio Joan de Centelles, sobrino suyo, afirma que es natural de Xàtiva; opinión que comparte el propio Viciana. Sus padres, Gaspar Joan y Leonor Escrivà, pertenecieron a la nobleza local setabense, siendo el primero, miembro de la aristocrática familia Joan, apellido posteriormente castellanizado en Juan. Estudió en Lovaina, teniendo por profesor a Luis Vives con el cual adquirió profundos conocimientos de latín y griego, filosofía, matemáticas, jurisprudencia e historia. Esta preparación, junto a una gran prudencia, exquisita conversación, acertado juicio y agradable aspecto lo hicieron digno del aprecio de las personas más cultas y poderosas de la época. Se dedicó posteriormente a la milicia al servicio de Carlos V, a quien acompañó en varias expediciones, pero su formación humanística lo llevó a formar parte del grupo de consejeros del emperador. Ayudó en la formación de Felipe II, quien lo designó en 1554 maestro de su hijo, el príncipe Carlos. De edad avanzada ingresó en el estado eclesiástico, y en 1564 fue nombrado obispo de Osma, donde murió el día 30 de julio de 1566. Sus restos mortales descansan en la catedral de la ciudad soriana. Conocemos de él las obras: Cathecismus, Abecedario vertido al castellano de los vocablos lemosines, Discursos políticos y diversas cartas.