Va nàixer a Xàtiva en maig de 1566. Estudià Gramàtica, Lògica i Filosofia en la Universitat de València. En 1582 va prendre l’hàbit de dominics en el convent de Llombai, des d’on mantingué contactes epistolars amb intel·lectuals de l’època. Fou autor de refutacions teològiques contra Calví quan sols tenia 22 anys. A petició del cardenal César Baronio fou cridat pel general dels dominics, Jerónimo Xavierre, a la Cúria romana per continuar la seua obra d’història de l’Església —Annales ecclesiasticis—, traslladant-se per tal motiu a Roma en 1601. Allí va contraure íntima amistat amb el docte Isidoro Aliaga, anys després arquebisbe de València. Per encàrrec del papa Clement VIII treballà en la reforma del Missal i el Breviari, fent-se la primera impressió de l’obra en Roma en 1603. En 1605, la Sagrada Congregació de l’Índex li encomanà, junt amb els doctes cardenals Baronio i Belarmino, que corregira els errors dels amanuenses i de la premsa, de la Biblioteca dels Sants Pares que Margarine de la Bigne, teòleg parisenc, havia publicat a París l’any 1589 en nou grans volums, encàrrec que va complir amb rigor i brevetat. En 1608, Isidoro Aliaga va ser nomenat provincial d’Aragó i va nomenar Maluenda vicari provincial seu, motiu pel qual tornà a Espanya. Per novembre del referit any, Aliaga va ser nomenat bisbe d’Albarrasí, i Maluenda es va quedar en el convent de Predicadors de València, en el qual treballà com historiador i professor de Bíblia. En 1610 va haver d’anar a Madrid cridat per Bernardo de Rojas, inquisidor general, cardenal i arquebisbe de Toledo per examinar i confeccionar l’Índex de llibres prohibits, que es va publicar a Madrid l’any 1612. Traslladat Aliaga al arquebisbat de València, el nomenà el seu conseller. En els últims anys de la seua vida inicià una nova versió en hebreu de la Bíblia, obra que no arribà a acabar. La majoria dels seus manuscrits es conserven a la Biblioteca de la Universitat de València. A part de les obres mencionades cal destacar: De Anticristo libri IX (1604), Vida de San Pedro Mártirz (1613), i Comentarios a los capítulos 2 y 3 del Génesis, així com la seua obra manuscrita Descripción de las antigüedades de Xàtiva. Morí als seixanta-tres anys d’edat en maig de 1628.
