Vicente Ximeno afirma que va nàixer a València, però en Elogios del ilustrísimo y eruditísimo varón don Honorato Joan (Valencia: Gerónimo Vilagrasa, 1659), compilació d’escrits realitzada per Antonio Joan de Centelles, nebot seu, s’afirma que és natural de Xàtiva; opinió que compartix el propi Viciana. Els seus pares, Gaspar Joan i Elionor Escrivà, pertanyien a la noblesa local xativina, essent el primer, membre de l’aristocràtica família Joan, cognom posteriorment castellanitzat a Juan. Estudià en Lovaina, tenint per mestre a Lluís Vives amb el qual adquirí profunds coneixements de llatí i grec, filosofia, matemàtiques, jurisprudència i història. Aquesta preparació, junt a una gran prudència, exquisita conversa, encertat juí i agradable aspecte el feren digne de l’estima de les persones més cultes i poderoses de l’època. Es dedicà posteriorment a la milícia al servei de Carles V, a qui acompanyà en vàries expedicions, però la seua formació humanística el portà a formar part del grup de consellers de l’emperador. Ajudà en la formació de Felip II, qui el designà en 1554 mestre del seu fill, el príncep Carles. D’edat avançada ingressà en l’estat eclesiàstic, i en 1564 fou nomenat bisbe d’Osma, on morí el dia 30 de juliol de 1566. Les seues despulles mortals resten a la catedral de la ciutat soriana. Coneguem d’ell les obres: Cathecismus, Abecedario vertido al castellano de los vocablos lemosines, Discursos políticos i diverses cartes.